Geologie
Geologicky patří Trojanovice do oblasti flyšového pásma Západních Karpat. Jedná se o pásmo usazených hornin – pískovců, jílovců nebo slepenců, které se střídají v různých mocnostech. Tyto usazené horniny vznikaly ve druhohorách v hlubokomořských pánvích moře Tethys. Ve starších třetihorách byly tlakem vyvrásněné a nasunuté v několika příkrovech přes starší horniny Českého masivu. Tak byl z mořského dna vyzdvižen i hřeben Moravskoslezských Beskyd, tedy i Radhošť nebo Velký Javorník. Z období života dinosaurů se u nás zachovaly přes 100 miliónů let staré schránky mořských živočichů – amonitů. Otisk páteře druhohorního plaza Radhosticum carpaticum je uložen v Moravském zemském muzeu v Brně. Mezi Kyčerou a Kozincem se nachází opuštěné štoly, kde se ještě v 19. století těžila železná ruda – pelosiderit. Z Radhoště pochází i pískovec, který je uložen v základech Národního divadla. V Trojanovicích byla objevena i menší ložiska zemního plynu a v kilometrových hloubkách i zásoby černého uhlí, na kterých byly před rokem 1989 postaveny průzkumné důlní věže.

Voda
Desítky říček, potoků a potůčků tvoří na ploše 36 km2 nádhernou mozaiku. Pramení v podhůří Beskyd a stékají do údolí jako říčka Lubina nebo Lomná. Největším potokem je Bystrý potok, další významnější jsou potoky Lánský, Radhošťový potok, Rokytný, Velký Škaredý a nebo Malý Škaredý. Najdeme zde i několik vodních ploch a velké množství malých či větších tůní. Největší vodní plochy jsou na říčce Lubina, na Lánském potoce. Hranicí obce ve směru od Malého Javorníku – sedlo Pindula – Velká Polana – Radhošť – Pustevny – Tanečnice probíhá hranice mezi úmořími Černého moře a Baltského moře.

Lesy
Lesy pokrývají v Trojanovicích plochu 2440 ha. Jejich dnešní podoba je značně odlišná od původních pralesů. Na území Trojanovic mírně převažují kulturní porosty smrku (Picea abies). Na strmých svazích Radhošťské hornatiny roste převážně buk (Fagus sylvaticus). Z dalších listnatých stromů jsou zastoupeny javor (Acer), jasan (Fraxinus), habr (Carpinus), lípa (Tilia) nebo dub (Quercus). Z jehličnatých stromů to jsou jedle (Abies), modřín (Larix) nebo borovice (Pinus). V okolí drobných vodních toků nebo na svahových lesních prameništích se zachovaly porosty jasanu (Fraxinus), olše (Alnus) nebo vrby (Salix). Výjimkou jsou lesy Přírodní rezervace Noříčí a Národní přírodní rezervace Radhošť.

Louky, pastviny, mokřady
Původně lesnatá oblast se začala měnit v 15. až 17. století s valašskou kolonizací a rozvojem salašnictví - vznikal pasekářský způsob hospodaření z údolí až po vrcholy hor. Na území Trojanovic bylo několik salaší. Koncem 18. století odeznívá salašnictví s rozvojem průmyslu - nastává opětovné zalesňování luk a pastvin. Pestrá květena luk a pastvin vznikala po dlouhá staletí tam, kde člověk vyklučil les a začal hospodařit – kosit a pást ovce nebo dobytek. Postupně bylo však mnoho pozemků odvodněno, remízky rozorány a docházelo k jejich přehnojení nebo byl proveden výsev nepůvodních druhů travin. Přes všechny tyto změny jsou díky pravidelnému obhospodařování ještě dnes vidět v Trojanovicích pestrobarevné louky plné bílých kopretin, modrých zvonků, růžových kohoutků nebo žluté škardy. Botanicky velmi zajímavá je oblast bývalé střelnice ruské armády. V jarním období najdeme v listnatých a smíšených lesích nádherné koberce česneku medvědího (Alium ursinum), sasanek (Anemone), sněženek (Galanthus), bledulí (Leucojum) nebo prvosenek (Primula),. Ze vzácnějších druhů uvedeme ještě výskyt lilie zlatohlavé (Lilium martagon), vachty trojlisté (Menyanthes trifoliata), mečíku střechovitého (Gladiolus imbricatus), všivce lesního (Pedicularis sylvatica) nebo evropsky chráněného druhu oměje tuhého moravského (Aconitum firmum). Na horských loukách roste hořec tolitovitý (Gentiana asclepiadea), hvozdík kropenatý (Dianthus deltoides), mochna zlatá (Potentila aurea). Zvláštní skupinu tvoří orchideje. Na území Trojanovic můžeme objevit prstnatec májový (Dactylorhiza majalis), prstnatec Fuchsův (Dactylorhiza fuchsii), vstavač mužský (Orchis mascula), bradáček vejčitý (Listera ovata) nebo kruštík bahenní (Epipactis palustris). Mokřady mají nezastupitelnou roli v krajině. Dovedou pohltit neuvěřitelné množství vody a přispívají tak významně k zadržování vody v krajině. Na takovýchto místech roste i mnoho vzácných druhů rostlin. Takových míst však v Trojanovicích hodně ubylo, téměř vymizela i masožravá rosnatka okrouhlolistá (Drosera rotundifolia) nebo vápnomilná tolije bahenní (Parnassia palustris).

Zvířectvo
Pestré složení fauny Trojanovic a okolí je výsledkem dlouhodobého vývoj krajiny od příchodu prvních osadníků podnes. Z bezobratlých živočichů zde můžeme objevit mimo jiné také otakárka fenyklového (Papilio machaon), modráska černoskvrnného (Phengaris arion) nebo raka říčního (Astacus astacus). Obojživelníci představují skupinu obratlovců, kterým vyhovují vlhká místa, mokřady nebo okolí malých potoků. Najdeme tu mloka skvrnitého (Salamandra salamandra), čolka horského (Titurus alpestris), kuňku žlutobřichou (Bombina variegata) nebo ropuchu obecnou (Bufo bufo). Plazy zastupuje zmije obecná (Vipera berus), užovka obojková (Natrix natrix) či slepýš křehký (Anguis fragilis). Na území Trojanovic se nachází mnoho druhů ptáků, kteří zde žijí trvale a v hojném množství. Tři čtvrtiny území obce jsou součástí ptačí oblasti Beskydy. Vyskytují se tu vzácné druhy jako datel černý (Dryocopus martius), strakapoud bělohřbetý (Dendrocopos leucotos), čáp černý (Ciconia nigra), puštík bělavý (Strix uralensis), jeřábek lesní (Bonasa bonasia), lejsek malý (Ficedula parva), chřástal polní (Crex crex), ledňáček říční (Alcedo atthis), lejek bělokrký (Ficedula albicollis), ťuhýk obecný (Lanius collurio), ostříž lesní (Falco subbuteo) a mnoho dalších. Savci jsou zastoupeni druhy, které pozorujeme častěji (veverka obecná, jezevec lesní, srnec nebo jelen lesní) i druhy vzácnými. Jsou to například rejsek horský (Sorex alpinus), myšivka horská (Sicista betulina), rys ostrovid (Lynx lynx), vlk (Lupus europeus) nebo medvěd hnědý (Ursus arctos). V dutinách stromů a pseudokrasových jeskyních žije osm druhů netopýrů.