Asi 80% území Trojanovic je od roku 1973 součástní Chráněné krajinné oblasti Beskydy. Nacházejí se zde 2 maloplošná chráněná území a asi třetina obce je součástí ptačí oblasti Beskydy. Územím Trojanovic vedou nadregionální a regionální biokoridory a nacházejí se zde nadregionální a regionální biocentra.
Národní přírodní rezervace Radhošť
Národní přírodní rezervace Radhošť patří k nejcennějším částem beskydské přírody. Rozkládá se na severním svahu památné hory Radhošť v nadmořské výšce 660 až 1129 m n. m. Na ploše 145 ha se nachází rozsáhlý komplex porostů charakteristický pro vrcholové části Moravskoslezských Beskyd. Lesy jsou zde vystaveny nepříznivým klimatickým vlivům. Nacházejí se zde smrčiny, které jsou formovány drsným klimatem (vytváří tzv. vlajkové formy), na které navazují bukové porosty staré více než 180 resp. 110 let. V podrostu se vyskytuje např. svízel vonný (Galium odoratum), sasanka hajní (Anemone nemoralis), pstroček dvoulistý (Maianthemum bifolium). Na vlhčích místech roste sněženka podsněžník (Galanthus nivalis), dymnivka dutá (Corydalis cava), mokrýš střídavolistý (Chrysosplenium alternifolium), omněj tuhý moravský (Aconitum firmum), kyčelnice žlaznatá (Dentaria glandulosa).
Přírodní rezervace Noříčí
Přírodní rezervaci Noříčí tvoří lesní porost na kamenitých svazích s bohatstvím lesních typů s přirozenou dřevinnou skladbou stáří kolem 150 let. Rozkládá se v nadmořské výšce 680 až 1047 m n. m. na ploše 38 ha. Lesní společenstva zde představují bučiny s příměsí jedle, smrku nebo javoru s bohatou květenou.
